1. Degré de similarité entre deux gènes existants chez deux espèces différentes.L’orthologie entre deux gènes n'empêche pas que ces gènes aient pu dériver pour produire des fonctions différentes chez les deux espèces qui les abritent.Dans les protéines à plusieurs domaines, deux niveaux d’orthologie peuvent être distingués d’une part au niveau de chaque domaine séparément, d’autre part au niveau de la protéine complète.